微生物菌種是決定發(fā)酵產(chǎn)品的工業(yè)價值以及發(fā)酵工程成敗的關(guān)鍵，只有具備良好的菌種基礎(chǔ)，才能通過改進(jìn)發(fā)酵工藝和設(shè)備以獲得理想的發(fā)酵產(chǎn)品。菌種用途廣泛涉及食品、醫(yī)藥、工農(nóng)業(yè)、環(huán)保等諸多領(lǐng)域。
自然選育
自然選育的步驟主要是：采樣，增長培養(yǎng)，培養(yǎng)分離和篩選等。
（1）采樣 篩選的菌種采集的對象以土壤為主，也可以是植物、腐敗物品和某些水域等。
（2）富集培養(yǎng) 由于采集樣品中各種微生物數(shù)量有很大差異，若估計到要分離的菌種數(shù)量不多時，就要人為增加分離的概率，增加該菌種的數(shù)量。
（3）平板分離法 由接種環(huán)以無菌操作沾取少許待分離的材料，在無菌平板表面進(jìn)行平行劃線、扇形劃線或其他形式的連續(xù)劃線，微生物細(xì)胞數(shù)量將隨著劃線次數(shù)的增加而減少，并逐步分散開來。
（4）初篩 一般通過平板稀釋法獲得單個菌落，然后對各個菌落進(jìn)行有關(guān)性狀的初步測定，從中選出具有優(yōu)良性狀的菌落。復(fù)篩 指對初篩出的菌株的有關(guān)性狀作精確的定量測定。一般要在搖瓶或臺式發(fā)酵罐中進(jìn)行培養(yǎng)，經(jīng)過精細(xì)的分析測定，得出準(zhǔn)確的數(shù)據(jù)。
誘變育種應(yīng)注意的問題
（1）挑選優(yōu)良的出發(fā)菌株 出發(fā)菌株就是用于育種的原始菌株。出發(fā)菌株適合，育種工作效率就高。
（2）菌懸液的制備 一般采用生理狀態(tài)一致（用選擇法或誘導(dǎo)法使微生物同步生長）的單細(xì)胞或孢子進(jìn)行誘變處理。所處理的細(xì)胞必須是均勻而分散的單細(xì)胞懸液。分散狀態(tài)的細(xì)胞可以均勻地接觸誘變劑，又可避免長出不純菌落。
（3）選擇簡便有效、最適劑量的誘變劑 誘變劑主要有兩大類，即物理誘變劑和化學(xué)誘變劑。
（4）突變體的篩選 要獲得預(yù)定的效應(yīng)表型主要靠科學(xué)的篩選方案和篩選方法，一般要經(jīng)過初篩和復(fù)篩兩個階段的篩選。
正確選擇親雜交育種技術(shù)選擇
選擇親本的原則首先要盡可能選用綜合性狀好，優(yōu)點多，缺點少，優(yōu)缺點或優(yōu)良性狀能互補(bǔ)的親本，同時也要注意選用生態(tài)類型差異較大、親緣關(guān)系較遠(yuǎn)的親本雜交，如江西的荷包紅鯉和云南的元江鯉。在親本中最好有一個能適應(yīng)當(dāng)?shù)貤l件的品種。要考慮主要的育種目標(biāo)，選作育種目標(biāo)的性狀至少在親本之一應(yīng)十分突出。當(dāng)確定一個品種為主要改良對象，針對它的缺點進(jìn)行改造才能收到好的效果，如草魚的抗病性。