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參考菌株（reference strain）一般也叫平行菌株，通常根據(jù)系統(tǒng)進(jìn)化樹以及前人研究進(jìn)行選取的。實(shí)驗(yàn)研究時，選擇哪個菌株作為參考菌株要具有科學(xué)性，一般都是將已經(jīng)研究較多的菌株作為參考菌株。
標(biāo)準(zhǔn)菌株：由國內(nèi)或國際菌種保藏機(jī)構(gòu)保藏的，遺傳學(xué)特性得到確認(rèn)和保證并可追溯的菌株[1]。標(biāo)準(zhǔn)菌株是在給某細(xì)菌定名、分類記載和發(fā)表時，為了使定名準(zhǔn)確和作為分類概念的準(zhǔn)則，以純粹活菌（可繁殖）狀態(tài)所保存的菌種。
標(biāo)準(zhǔn)菌株也稱為模式菌株（type strains），通常需要由至少兩個不同國家的專門保藏機(jī)構(gòu)保藏的菌株，一個菌株在同一個保藏機(jī)構(gòu)有且僅有永久保藏號?？匆粋€保藏菌株是否是標(biāo)準(zhǔn)菌株的標(biāo)志是在菌株名后有一個上標(biāo)的T (Type)；每種菌可以有多個標(biāo)準(zhǔn)菌株。 例如：紅假單胞菌Rhodobacter sphaeroides ATCC 17023T、Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025T、Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029T這三個菌株都屬于一個種，但是不同的菌株，因?yàn)檫@三者都在同一個保藏機(jī)構(gòu)，而Rhodobacter sphaeroides ATCC 17023T=Rhodobacter sphaeroides ATH 2.4.1= Rhodobacter sphaeroides DSM 158T=Rhodobacter sphaeroides NCIB 8253T，這四個是同一個種同一株菌，因?yàn)樗鼈兪峭恢昃诓煌瑖业牟煌２貦C(jī)構(gòu)保藏。
新標(biāo)準(zhǔn)菌株：當(dāng)原作者使用的菌株失掉，以后的研究者就新的菌株研究、記載后，確認(rèn)可以作為國際上正標(biāo)準(zhǔn)菌株的代替菌株時，稱該菌株為新標(biāo)準(zhǔn)菌株。
正標(biāo)準(zhǔn)菌株：在標(biāo)準(zhǔn)菌種中，對于從作過原始記載的作者實(shí)際分離或應(yīng)用的菌株，通過營養(yǎng)繁殖獲得和保存的菌株，稱為正標(biāo)準(zhǔn)菌株。
選定標(biāo)準(zhǔn)菌株：當(dāng)原作者使用復(fù)數(shù)菌株，以后的研究者選擇其中之一作為最適當(dāng)?shù)木陼r，稱該菌種為選定標(biāo)準(zhǔn)菌株。
標(biāo)準(zhǔn)菌株通常至少定義到屬或種的水平，按其特征進(jìn)行分類和描述，并有明確的來源。標(biāo)準(zhǔn)菌株一旦被確定后，全球的學(xué)者都以這個菌株作為標(biāo)準(zhǔn)，與它進(jìn)行比對，看親緣關(guān)系如何，來定位待測菌株的系統(tǒng)發(fā)育地位。